A partir de ce moment, s’ouvre, pour Cipriani, l’ère des persécutions. Son long martyre commence. Désormais, ce ne seront plus que condamnations, emprisonnements, supplices. A Versailles, la cour martiale le condamne à mort. Il allait être exécuté, lorsque l’ordre de suspendre l’exécution arriva. Cipriani fut conduit à Belle-Isle, dans la vieille forteresse qui abrita, en 51, Barbès, Blanqui et Pierre Dupont. Il y séjourna quelques mois à peine. Transféré à Cherbourg, il fut ramené, le 19 janvier 1872, à Versailles pour passer devant le 19e conseil de guerre, et se vit, une deuxième fois, condamné à mort. Mais cette fois, encore, la chance le servit. Sa peine fut commuée en celle de détention dans une enceinte fortifiée.
Cipriani fut alors conduit à La Rochelle. On l’embarqua sur la Danaé. Bientôt le commandant, qui poursuivait les révolutionnaires d’une haine féroce, le fit placer à fond de cale, avec, pour seule ration, du pain et de l’eau. Cela pendant soixante-dix jours. Cipriani arriva en Calédonie exténué. Il y séjourna dix années, non sans accidents. A la suite d’une lettre jugée injurieuse, on le condamna, là-bas, à deux ans de travaux forcés et 3 000 francs d’amende. L’amnistie, en 1880, vint heureusement le libérer, avec ses compagnons de chaîne. Il rentra à Paris.