En 1890, à la veille de la manifestation du 1er mai, Malato est poursuivi pour un article paru dans l’Attaque et condamné à 15 mois de prison et 3 000 francs d’amende. Il n’a pas gardé un mauvais souvenir de son séjour à Sainte-Pélagie. La République, qui n’était pas celle de Clemenceau, accordait aux détenus un régime autrement agréable que celui d’aujourd’hui.
A Sainte-Pélagie, Malato occupe ses loisirs à écrire deux volumes, l’un très sérieux Révolution chrétienne et Révolution sociale, l’autre, en collaboration avec Gégout, humoristique : Prison fin de siècle.
Le jour même de sa condamnation, on lui avait signifié un arrêté d’expulsion. On continuait à le considérer comme italien. Malato conteste au gouvernement le droit de le traiter en étranger. Le décret est suspendu. Mais, plus tard, après les premiers attentats anarchistes, en 1892, Malato fut compris parmi les nombreux expulsés. Averti par un ami que le décret allait lui être appliqué, il échappa au commissaire de police et se réfugia à Londres.